Desarrollar el sistema de investigación científica y tecnológica del Hospital, en la interrelación con los procesos de enseñanza y atención médica y quirúrgica que se oriente a satisfacer las necesidades y demandas de la población pediátrica y adolescente y apoyar a la toma de decisiones para mejorar la atención que se otorga en el Hospital.

Coordinar las actividades de investigación científica que lleve a cabo el Hospital a través de protocolos de investigación que desarrollen sus áreas y contribuyan a mejorar la salud de la población infantil y adolescente, en áreas biomédicas, clínicas, sociomédicas y epidemiológicas con el propósito de responder a los principales problemas de salud de los niños y adolescentes mexicanos.