El desarrollo de la endocrinología pediátrica como nueva especialidad se inició en nuestro Hospital en la sala de nutrición en el año de 1953. Sin embargo fue en año de 1958, que se constituye formalmente el departamento de endocrinología bajo la jefatura del doctor Silvestre Frenk Freud, como respuesta a la creciente demanda de la población pediátrica mexicana de patología endócrina.
A través del tiempo fue haciéndose evidente que la atención del paciente con diabetes mellitus requería más que atención de una consulta pediátrica, por lo cual en el año de 1990 se establece la Clínica de atención al niños con diabetes mellitus (CANDI). Asimismo, se cuenta con la Clínica de Atención Multidisciplinaria para pacientes con Trastornos de la Diferenciación Sexual y la Clínica de Atención al paciente con síndrome metabólico.
Actualmente nuestro departamento brinda atención con algunos de los más novedosos tratamientos para enfermedades y padecimientos propios de un hospital de tercer nivel de atención, entre las que se encuentran diabetes mellitus, síndrome metabólico, deficiencia de hormona de crecimiento, alteraciones de la diferenciación sexual, síndrome de Turner y cáncer de tiroides, entre otras. Asimismo en el departamento se realizan protocolos de investigación sobre síndrome metabólico, diabetes mellitus tupo 2 y programación fetal de enfermedades crónicas en la vida adulta.